佛光山在台南區雖設有多處信眾的修行場所，廣結善緣。然而，有鑑於信眾向道之心堅定，人數日益增多，於是南台別院本於佛光山四大宗旨「以文化弘揚佛法，以教育培養人才，以慈善福利社會，以共修淨化人心」孕育而生。
    位於台南市政府前－永華路上的南台別院，占地一千零四十二坪，於91年2月7日購地，93年2月10日正式動工，於96年4月1日開光落成。這座巍峨莊嚴的道場乃由開山宗長星雲大師親自指導、國際名建築師姚仁喜所設計的南台別院，可說是完全彰顯「宗教與藝術」、「傳統與現代」的融合精神。

 ◎融合傳統與現代的建築之美

    南台別院建築，地下三層，地上九層，寓指佛教的「十二因緣」和「九品蓮台」；大殿和其他機能空間分開設計，是南台別院建築獨到之處，位於後棟的大殿以鋼構處理，可支持多用途、多人數使用的大尺度空間需求；前棟以RC構造。二棟建物雖各自獨立，形式上又連成一體，並以透明採光玻璃挑高空間分隔，可提供大型的千人講座與藝文活動。

    矗立於山門口的大型階梯，象徵著菩薩修行的五十二階位，祈願來訪者以朝山禮聖的心情，在「一步一蓮花、一花一世界、一葉一如來」中，開發菩提道心，達至清淨圓滿的佛地。特別值得一提的是，這座階梯的每一個尺度，皆是星雲大師為慈念眾生的身心需求而親自設計，俾令一切有緣者達到色身的輕安、心靈的安頓，真正體現「人間佛教」的內涵。

    外觀宏偉以洗石子為主，傳達宗教建築樸實無華的精神；靠近寺前的人行道，就能瞻仰六百尊莊嚴的帷幕佛像大放光明，迎接著每一位進入大殿禮佛的眾生。同時，更象徵佛教走出寺廟殿堂，化度有情，實踐星雲大師「自覺與行佛」的理念。 

    南台別院除了千人禮佛的大殿外，另有能容納兩百人的國際會議廳、美術館、禪堂以及各類教室、滴水坊等，具體落實寺院「學校化」、「藝文化」、「生活化」，全方位展現「人間佛教」高度的功能性，成為現代寺院新指標。

◎未來展望

         南台別院之發展將朝向以下目標努力：